Według założeń Ministerstwa Zdrowia zastępowanie szpitali publicznych spółkami miało motywować ich zarządy do większej dbałości o kondycję finansową placówek. Tymczasem w niektórych wypadkach (przy akceptacji samorządów) cały proces przemian (w zakresie funkcjonowania szpitala) ograniczył się do operacji księgowych, czyli oddłużenia placówki. Na miejscu, w szpitalu, zachowywano status quo: likwidatorami i nowymi dyrektorami aż połowy skontrolowanych placówek zostawali dotychczasowi dyrektorzy. Nie służyło to ani zachowaniu przejrzystości, ani naprawie sytuacji. W konsekwencji te szpitale, które przed komercjalizacją przynosiły duże straty, po przekształceniu wpadały w kolejną spiralę długów. Natomiast zysk osiągały te placówki, które jeszcze przed komercjalizacją wyszły na prostą lub poważnie ograniczyły generowanie strat dzięki dostosowaniu własnej struktury do potrzeb rynku, optymalizacji zatrudnienia, dobrej organizacji pracy oraz skutecznym negocjacjom z dostawcami cen i terminów płatności za leki i sprzęt medyczny.

Najważniejsze cele komercjalizacji: powstrzymanie generowania strat i zmniejszenie kolejek pacjentów oczekujących na zabiegi - w większości skontrolowanych szpitali - nie zostały osiągnięte. Nie poprawiła się również dostępność świadczeń zdrowotnych, gwarantowanych w ramach ubezpieczenia. NIK zwraca również uwagę, iż pomimo przejęcia przez samorządy zobowiązań finansowych przekształcanych placówek (od 2000 roku do czasu zakończenia kontroli w placówki niepubliczne przekształcono 105 szpitali[1]), całkowite zadłużenie publicznej służby zdrowia pozostało na zbliżonym poziomie (zmniejszyło się z 10,3 na 9,6 mld).

W procesie komercjalizacji szpitali błędy popełniały także samorządy (organy założycielskie szpitali), które nie nadzorowały odpowiednio prawidłowości przekształceń. Lekceważyły one przepisy i reguły rządzące likwidacją, źle monitorowały sytuację finansową nowo tworzonych podmiotów oraz zakres udzielanych przez nie świadczeń.

Cztery samorządy (Płock, Pleszewo, Rawicz, Wieruszów) przekazały prawo własności do nieruchomości (wartych blisko 100 mln) nowo utworzonym spółkom - w przypadku ich upadłości zniknie baza zabezpieczająca leczenie na danym terenie. Cztery samorządy (Zabrze, Pleszewo, Tomaszów, Nowa Sól) przekazały majątek nowym spółkom jeszcze przed zakończeniem formalności, nie przeprowadzając nawet inwentaryzacji. Z kolei we Wschowie i Szprotawie nie zadbano o rzetelną wycenę dzierżawionych budynków - gwarantując nowym podmiotom niski czynsz, nie zagwarantowano prawa właściciela do nadzoru nad nieruchomością.